In der frühen Leipziger Zeit entstanden der größte Teil seiner Kirchenkantaten, die Passionen und Motetten, später wandte er sich dann wieder der Instrumentalmusik un der Vollendung seiner kontrapunktischen Kunst zu ("Wohltemperiertes Klavier", "Musikalisches Opfer" und die unvollendet gebliebene "Kunst der Fuge"). Sein gewaltiges Werk, krönender Abschluss des deutschen Barock, wurde von seinen Zeitgenossen nicht angemessen gewürdigt, sein Tod blieb unbeachtet, sein Grab an der Johanniskirche ohne Denkstein. Erst 1949 wurden seine Gebeine in die Thomaskirch überführt.