Eine erste Kirche wird urkundlich im Jahre 1346 erwähnt. Diese fiel vermutlich den Hussitenkriegen zum Opfer. Deshalb entstand im 14. Jahrhundert eine neue Kirche. Die Einführung der Reformation 1539 in Börln wurde mit dem Wechsel der zuständigen Superintendentur von Wurzen nach Oschatz vollzogen. 1609-1610 ist diese Kirche vergrößert worden. Dabei erhielt sie einen Turm. Ihre heutige Form bekam sie 1732. Sie ist ein barockes Bauwerk. Über den Baumeister ist nichts bekannt.

1861-62 bekam die Kirche eine neue Innenausstattung im neugotischen Stil. Dazu gehörten auch Kanzel und Taufstein. Die Orgel, die sich noch heute in der Kirche befindet, wurde vom Dresdener Hoforgelbauer Jehmlich 1886 eingebaut. Sie war sein 50. Bauwerk. Einen großen Teil des heute noch vorhandenen Inventars stifteten die Familie von Döring und die Gräfin von Zech. Von letzterer stammt u.a. das bunte Glasfenster, das sich hinter dem Altar befindet. Es ist eine Spende anlässlich des Todes eines Kindes der Grafenfamilie.

Den Gesamteindruck der Kirche beschreibt der damalige Prof. Gurlitt als "eine Einheit". Die Kirche ist das geistige und kulturelle Zentrum des Dorfes. Hier finden Gottesdienste, Taufen, Hochzeiten u.a. statt.

1990 begannen die Sanierungsarbeiten an der Börlner Kirche. Um die Orgel vor Schaden zu bewahren, musste sie vorher ausgebaut werden. Nach den abgeschlossenen Bauarbeiten erfolgte die Restaurierung der Orgel. Sie wurde am 19. September 1995 zum ersten Mal wieder gespielt. Eingeweiht wurde sie in einem Festgottesdienst mit einem Treffen der Kirchenchöre aus dem Kirchenkreis Wurzen mit über 100 Sängerinnen und Sängern. Die Kirche und das Pfarrhaus besitzen heute ein gepflegtes Aussehen.

Zu den Höhepunkten des Kirchenjahres zählen das Erntedankfest und das Weihnachtsfest.

Links neben dem Haupteingang der Kirche befindet sich ein Gedenkstein für einen ermordeten Kaufmannssohn aus Liegnitz in Schlesien. Er wurde 1684 zwischen Börln und Dahlen ermordet. Zur Erinnerung daran ließ sein Vater den Gedenkstein setzen.

Bis 1604 befand sich auf dem Gelände des Kirchhofes der Friedhof der Gemeinde. Seit 1604 ist dieser Friedhof geschlossen und ein anderer wurde am Ortsausgang Richtung Bortewitz angelegt. Dieser dient heute noch als Bestattungsstätte für die Einwohner von Börln und Frauwalde.

Für Schlagzeilen sorgte die Kirche im Jahre 1989, als anlässlich der geplanten Errichtung eines Atomkraftwerkes im Börlner Ortsteil Schwarzer Kater eine Protestveranstaltung gegen dieses Vorhaben stattfand. Rund 50 Teilnehmerinnen und Teilnehmer an dieser Veranstaltung bekamen zum Teil schon im Vorfeld zu spüren, wie die staatlichen Stellen Proteste zu unterdrücken versuchten. Die Wende erledigte dann diese staatlichen Planungen.

Von 1539 bis einschließlich Januar 2011 waren 30 Pfarrer im Amt. Am 4. September 2011 wurde Pfarrer Stephan Rost (bisher als Vikar in Rom tätig) ordiniert.