1901 zog er nach München um, wo er sich mehr musikalische Inspiration erhoffte. Und er heiratete hier 1902 die geschiedene Protestantin Elsa von Bercken. In dieser Zeit war Reger äußerst produktiv, sowohl als Komponist, aber auch als konzertierender Pianist.

1905 wurde er an die Akademie der Tonkunst berufen, als Nachfolger von Josef Rheinbergers. Dieses Amt gab er aber bereits 1 Jahr später wieder auf.

1907 wurde Max Reger zum Universitätsmusikdirektor und Professor am Königlichen Konservatorium Leipzig berufen. Nachdem er ein Jahr später die Stelle des Universitätsmusikdirektors wieder aufgegeben hatte, wurde er 1911 Hofkapellmeister bei der zu dieser Zeit berühmten Hofkapelle Meinigen. Dieser Posten war ihm schon lange ein Wunsch gewesen, da er dieses Orchester überaus schätze.

1914 erlitt er einen Schlaganfall, was ihn dazu zwang, diese Stelle wieder aufzugeben. 1915 zog er nach Jena. Seine intensive Kompositions- und Konzerttätigkeit führte er nun von dort weiter, auch fuhr er einmal wöchentlich nach Leipzig, um hier seine Lehrveranstaltungen wahr zu nehmen. 1916 erlag Max Reger auf einer dieser Reisen einem Herzversagen.

1930 wurde Regers Urne auf Wunsch seiner Witwe Elsa Reger auf den Münchner Waldfriedhof überführt, da sie 1929 nach München zurückgekehrt ist.

Berühmt wurde Reger vor allem durch seine Kompositionen für die Orgel. Eines seiner Vorbilder war Johann Sebastian Bach. Reger hatte eine große Affinität für protestantische Choräle und entdeckte die alten barocken Gattungen Choralvorspiel, Phantasie und Fuge wieder und entwickelte diese weiter.
Reger musste sich zu Lebzeiten viele Anfeindungen seitens nationalistisch-traditionalistischen Musikern gefallen lassen, die ihm vorwarfen, seine Orgelwerke wären zu schwer. Dies führte dazu, dass er von einigen seiner Orgelwerke eine zweite Fassung schrieb, so zum Beispiel von der Phantasie und Fuge op. 135b.

Der künstlerische Nachlass von Max Reger wird seit 1920 im Max-Reger-Archiv auf Schloss Elisabethenburg in Meiningen aufbewahrt. Dieses Archiv wurde von seiner Witwe Elsa Reger ins Leben gerufen und ist seither auch Begegnungs- und Forschungsstätte.